7世纪初，雅砻悉补野部落兴起，并于唐贞观七年(633年，藏历水蛇年)统一西藏高原，在逻些建立了吐蕃政权。贞观十二年(638年，藏历土狗年)，吐蕃势力东扩，东女国于乾封二年(667年，藏历火兔年)被芒松芒赞征服，至此左贡地方受吐蕃统治。

9世纪中叶，吐蕃政权被平民大起义摧毁后，唐朝中央即于乾符四年(877年，藏历火鸡年)在康区设立黎州都督府领属53州，左贡地方为其管辖。

宋代，朝廷对藏区实行“归者收纳，乱者不讨”的羁縻统治，左贡仍属黎州都督府羁縻。南宋淳祐十二年(1252年，藏历第四绕迥水鼠年)，以兀良合台为先锋的蒙古族西路大军征服南诏，西南各地归属，左贡亦在其列。

元代，朝廷对藏区采取“因其俗而柔其人”的权宜之策，实行“土官治土民”的土司制度。并于景定四年(1264年，藏历第四绕迥水鼠年)，设置总制院(后改为“宣政院”)统管全国佛教事务和藏族地区的政教事务。左贡地方属宣政院在康区所设“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”管辖。至元二十七年(1290年，藏历第五绕迥金虎年)，忽必烈派搠思班率领蒙藏军队平定内乱后，设桑昂曲宗管理察瓦冈、察隅等地。

明代，朝廷沿袭元朝的治藏方略，依然实行“土官治土民”的土司制度，并把土司官职纳入地方体制范畴。洪武四年(1371年，藏历第六绕迥金猪年)，朝廷设置“朵甘卫指挥使司”统领康藏地区，左贡一带属其下辖的一部。洪武七年(1374年，藏历第六绕迥木虎年)，升“朵甘卫指挥使司”为“朵甘行都指挥使司”，左贡地方仍属其管理。崇祯十二年(1639年，藏历第十一绕迥土兔年)，蒙古族和硕特部首领固始汗率兵入康摧毁白利土司，进而攻占康南各地，左贡地方随之转隶和硕特部所辖。

清初，左贡仍为和硕特部控制。顺治五年(1648年，藏历第十一绕迥土鼠年)，西藏甘丹颇章政权势力东扩，并于康熙三年(1664年，藏历第十一绕迥木龙年)辖至左贡、芒康。康熙五十六年(1717年，藏历第十二绕迥火鸡年)，甘丹颇章政权第悉桑结加措勾结蒙古准噶尔部策妄阿刺布坦袭扰西藏，左贡地方被其攻占。康熙五十七年(1718年，藏历第十二绕迥土狗年)，朝廷命噶尔弼为定西将军、岳钟琪为副将，率川、滇、陕三军征剿准噶尔。岳钟琪于康熙五十八年(1719年，藏历第十二绕迥土猪年)五月二十四日抵达巴塘，巴塘第巴(土司)陀翁布归降，并随军招抚江卡(芒康)、察洼冈(左贡)、乍丫(察雅)、察木多(昌都)等地，八月，拉萨收复，西藏大定。至此，察洼冈(左贡)属清朝中央管辖。康熙五十九年(1720年，藏历第十二绕迥金鼠年)，土伯特内乱，桑昂曲宗被分为上察瓦冈隆(即邦达，今属八宿县)、中察瓦冈隆(左贡)、下察瓦冈隆(即门空，今属察隅县)三部分，统归四川辖控。同年，康熙皇帝命四川总督年羹尧、部将岳钟琪、成都知府马世衍、四川提标游击黄善材对桑昂曲宗各部重新查核，并将其中察瓦冈隆(左贡)划归昌都“呼图克图”(即强巴林寺帕巴拉活佛)管辖，所有属民为其农奴。帕巴拉活佛在昌都成立“拉章”(俗称昌都公所)后，即设左贡宗为其辖地，并置宗本总揽全宗行政、司法、财政大权，置总管处理全宗日常事务，再置“业巴”“协俄”“打本”“从本”“行业”“甲本”“卓念”等职分别主管经济、民事、诉讼、商贸、土地、治安、传令等事宜。雍正四年(1726年，藏历第十二绕迥火马年)，朝廷在宁静山划界后，将江卡及上、中、下察瓦冈赏给五世达赖喇嘛作为香火之地。于是，西藏甘丹颇章政权在江卡设台吉，管辖江卡、察瓦冈等地；江卡台吉又在察瓦冈置正副营官和协俄(设有左贡协俄、冷卡协俄、昌易协俄、门空协俄、杂瑜协俄)维护治安、管理辖区。赵尔丰在巴塘等地推行“改土归流”后，将丹达山以东的察木多、乍丫、察瓦冈、江卡等地划归川边管理。令新军留后哨驻守扎宜(扎玉),帮带夏正兴率前哨进驻门空(察隅县)、管带程凤翔率中、左、右之哨进驻吞多寺(田妥寺),以壮川军弹压、震慑地方之声威。

宣统二年(1910年，藏历第十五绕迥金狗年)元月，川、滇边务大臣兼驻藏大臣赵尔丰改察木多为昌都府。随后，将桑昂曲宗设为科麦县和察隅县，均隶昌都府。

民国元年(1912年，藏历第十五绕迥水鼠年)，川督尹昌衡设川边镇抚府，辖包括科麦在内的丹达山以东之各地。民国二年(1913年，藏历第十五绕迥水牛年)，全国废除府、厅、州制，撤销川边镇抚府，设立川边道，科麦为其所辖。同年，十三世达赖喇嘛在昌都设“朵麦基巧”，科麦为其管理之列。民国三年(1914年，藏历第十五绕迥木虎年)，民国政府将川边划为特别行政区，治所康定，科麦县在其管辖之内。民国七年(1918年，藏历第十五绕迥土马年)，藏军东犯，攻占了昌都以东至金沙江西岸的大片地区(科麦也在其内)，西藏地方政府即将科麦县裁撤，把邦达、左贡、碧土合并设立为左贡宗(相当于县)，由西藏地方政府委派宗本(相当于县长)管理差税及行政事务。民国十四年(1925年，藏历第十五绕迥木牛年)，刘成勋任西康屯垦使，改川边道为康东道，左贡宗隶之。民国十六年(1927年，藏历第十六绕迥火兔年)，刘文辉接防川边，次年在康定设立西康特区政务委员会，左贡宗归其管理。民国二十一年(1932年，藏历第十六绕迥水猴年)四月，驻宁静藏军代本西洼宁巴与盐井贡噶喇嘛联合攻打金沙江东岸的巴安(今巴塘)县城，引起康藏纠纷。经三个月的激战，藏军及贡噶喇嘛的民兵败退至金沙江以西。同年十月八日，康藏双方在康北江达县的岗拖签订《岗拖协议》，议定康藏双方以金沙江为界休战，至此，西康特区政务委员会所辖金沙江西岸的盐井、宁静、左贡等地划为西藏地方政府管辖。民国二十八年(1939年，藏历第十六绕迥阴土兔年)一月一日，西康省政府成立，国民政府将丹达山以东之各地(包括左贡)划属西康省辖地。

1950年10月7日，左贡宗解放，12月在碧土成立解委会(相当于区级行政机构)。

1951年1月1日，昌都地区解委会成立，左贡为其直属宗。7月，地区解委会向左贡派出军事代表(余伴勤)，并成立军事代表处。10月27日，撤销碧土解委会，正式成立左贡宗解委会，隶地区解委会。1956年12月，根据西藏工委电示，成立中国共产党左贡宗委员会。

1959年4月30日，经中共西藏工委批准，撤销左贡宗解委会，更名为左贡县委员会。1959年5月17日，左贡宗改为左贡县，并正式建立左贡县人民政府，隶西藏自治区昌都地区军事管制委员会。1960年1月，昌都地区专员公署成立(简称“地区专署”)，左贡县隶之。1965年，左贡县人民政府更名为左贡县人民委员会(简称“县人委”)。

1968年6月，左贡县革命委员会(简称“县革委”)成立，取代县人委职权；各区、乡成立公社革委会。1969年4月，地区专署由地区革委会取代，县革委转隶地区革委会。1971年12月，经自治区人民政府批准，左贡县治所由亚中村搬迁至旺达村(即现在的县城驻地)。1978年11月，撤销地区革委会，设立昌都地区行政公署(简称“地区行署”)，县革委为地区行署管辖。1981年11月，撤销县革委及其所属各级革委会，恢复建立左贡县人民政府，直隶地区行署；各公社革委会更名为公社管理委员会。1983年10月，经国务院批准，新建碧土县，但因故未果。1984年9月，撤销人民公社管理委员会，恢复乡建制，并成立各乡人民政府。1999年9月21日，国务院决定撤销原拟定的碧土县建置。至2010年底，县政府直隶地区行署管辖。

从1910年清朝政府设置科麦县开始，历经1918年西藏地方政府设置的左贡宗、1959年经中共西藏工委批准设置的左贡县，到2010年为止，左贡建县100年。